数百个新的基因组序列填补了果蝇生命之树的空白

美国斯坦福大学的BernardKim和同事在7月18日出版的开放获取期刊PLOSBiology上报告称，大量新的基因组序列数据填补了果蝇生命之树的重大空白。

果蝇是生物学研究中的经典模式生物，也是首批进行全基因组测序的物种之一。果蝇家族有4,400多个物种，其多样性可以为我们了解进化模式和过程提供参考。但这些物种中只有一小部分进行了基因组测序，而且大多数已发表的果蝇基因组序列都来自一组非常有限的物种，这些物种具有代表性的近交实验室菌株。

为了解决这个问题，研究人员对果蝇科179种苍蝇进行了基因组测序，包括野生的苍蝇、保存的博物馆标本和实验室饲养的菌株。

他们采用结合最新短读和长读测序技术的混合测序方法，从有限的材料中生成低成本、高质量的基因组序列。

他们利用新的基因组序列和之前发表的数据，绘制了果蝇科360个物种的系统发育树，进一步加深了我们对这些物种进化关系的理解。他们还比对了近300个果蝇基因组，作为未来比较基因组学研究(如全基因组比对)的开源工具。

虽然针对哺乳动物等大型生物的大规模测序工作正在顺利进行中，但这项研究表明，现在可以对单个苍蝇等小型生物(即使是在博物馆保存了长达二十年的生物)进行基因组测序。

作者补充道：“现在完全可以设想组装数百或数千个物种的基因组，即使仅靠一个实验室的研究预算也行。这种大规模、分支水平的采样将为我们研究果蝇等不同群体的基因组序列提供前所未有的分辨率，这必将提高我们对进化过程的理解。”

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