研究发现持久性蛋白质可能会影响代谢组学结果

范安德尔研究所的科学家在常见代谢物样本中发现了 1,000 多种以前未被发现的蛋白质，尽管采用了旨在清除它们的提取方法，但这些蛋白质仍然存在。

这项研究结果发表在《自然通讯》杂志上，为科学家提供了改进未来代谢组学实验的新见解和工具，包括在提取过程中去除这些蛋白质的新方案。这项研究并没有否定之前的结果，而是强调了在实验设计和分析中适当的控制和验证的重要性。

“科学进步往往是偶然和敏锐观察的结合。在这种情况下，我们在实验中注意到了一个奇怪的结果，深入研究后发现，标准代谢物提取过程中漏掉了大量蛋白质，”VAI 质谱核心主任、该研究的通讯作者 Ryan Sheldon 博士说。

“这些蛋白质可能会掩盖结果，并可能导致假阳性和假阴性。我们希望我们的发现能够提高人们对这些蛋白质组偷渡者的认识，并进一步加强代谢组学领域。”

长期以来，人们一直认为，用于提取代谢物的化学物质会破坏样本中的蛋白质，从而阻止它们干扰最终分析。研究表明，一些蛋白质会保留下来，这可能会改变提取样本的预期表型并改变结果。

为了筛选出这些可能有问题的蛋白质，Sheldon 及其同事在标准提取过程中添加了一个过滤步骤，以去除大于 3 千道尔顿的蛋白质——这一阈值涵盖了大多数蛋白质。

“最终，我们可以拥有世界上最好的仪器，但如果样品制备存在问题，那么这项技术也只能带我们走这么远，”谢尔登说。

“确保我们的表型不含任何混杂蛋白质对于获得准确的结果至关重要。我们的发现帮助我们做到了这一点。”

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