对新发现的大豆害虫的基因组进行测序

明尼苏达大学的学生对新发现的大豆瘿蚊进行了重要的基因组测序——一种威胁大豆作物的害虫，而大豆是世界上种植和消费最广泛的作物之一。这种小苍蝇已在中西部的主要大豆产区发现，包括明尼苏达州、爱荷华州、内布拉斯加州、南达科他州和密苏里州。

害虫管理一直很困难，因为科学家对其生物学的了解有限。基因组测序可以让利益相关者更深入地了解昆虫的生物学，并提供一套检测和识别工具。

密歇根大学的研究生在G3Genes|Genomes|Genetics杂志上发表了他们的发现，他们能够使用专业测序工作通常提供的一小部分资源获得昆虫基因组的序列，为制定未来的害虫管理策略。

参加动物科学系副教授ChristopherFaulk教授的比较动物基因组学课程的学生对大豆瘿蚊的第一个全基因组进行了测序并发表。

在Faulk的指导下，学生们获得了独特的机会来进行分析并为出版物的撰写做出贡献。研究生GloriaMelotto是该期刊文章的第一作者，并在昆虫学系助理教授AmeliaLindsey的实验室领导该项目，并由昆虫学系副教授RobertKoch共同指导。

他们发现：

大豆瘿蚊的基因组大约有2亿个核苷酸碱基：不到人类基因组大小的十分之一。

他们的序列组装是瘿蚊基因组中完整性最高的水平之一，可以作为相关昆虫研究的指南。

这种昆虫正在中西部迅速传播，这个公共基因组将推进遏制它的研究。

“从历史上看，对动物基因组进行测序非常昂贵且耗时，”Melotto说。“由于通常有数百名科学家使用数百万美元工作，我们的小团队特别兴奋地公布了这些发现。”

由10名学生组成的小组从明尼苏达州罗克县的一个农场收集的大豆虫蠓中提取了DNA。他们使用市售的便携式长读长测序仪在一个学期内对昆虫的基因组进行了测序。学生们以大约2,000美元的价格成功创建了这个基因组，其成本仅为典型测序成本的一小部分，后者可能达到数百万美元。

“仅在几年前，即2019年，科学界才对这种昆虫进行了描述。我们可以在如此短的时间内从发现一种新害虫，到一班学生发布基因组序列，这一事实证明了基因组学领域已经走了多远，”林赛说。

大豆瘿蚊基因组将为正在进行的和未来的研究提供资源，重点是这种害虫和其他瘿蚊的生物学、遗传学、进化和管理。

“拥有基因组将迅速推进对这种农业重要害虫的研究。对动物基因组进行测序是一项令人印象深刻的壮举，通常由专家联盟完成。现在我很自豪能将我们的学生算在其中，”福克说。

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